山东省应用真菌重点实验室于2009年由省教育厅批准建设，前期围绕真菌多糖、菌根真菌和生防真菌三个方向形成省内领先。近年聚焦我国和山东省在生态农业、医药健康、绿色环保等重大领域快速发展与新旧动能转换的重大需求，依托实验室国家和省级人才在微生物学、植物病理学和化学生物学的交叉学科优势，聚焦真菌功能资源挖掘、调控与再造的关键科学问题，开展从菌物资源到功能分子研发的前沿领域应用基础研究，解决山东省功能菌资源不足、微生物产业开发与利用率低等卡脖子问题。目前凝练三个核心方向：一、真菌资源与活性物质挖掘，围绕食药用菌、菌根真菌及生防菌，创建具有自主知识产权的新种质、新基因、新蛋白的资源库，研究天然菌物药物及合成过程，应用于绿色农业和医药健康领域；二、微生物寄主互作与代谢调控，开展以农作物病害绿色防控为目标的微生物与寄主互作的应用基础研究，探索促生长、抗病害、抗逆境等的代谢调控机制，指导促农作物生长技术研发和病原菌精准防治；三、农林低劣物生物转化与代谢重塑，针对农林低劣生物质高值转化的前沿热点需求，将“研究方向一及二”形成的资源素材、相关理论和共性技术应用于低劣物微生物高效绿色转化，提高农业资源综合利用率。

实验室现有科研用房3765平方米，2017年建设总值1500万元的科研仪器共用平台并全部对外共享。现有固定人员59人，包含学术带头人11名，研究骨干23名，一般研究人员23名，辅助管理人员2名，其中教授26人，国家优青1人，享受国家特殊津贴人员4人，国家现代农业产业体系岗位专家1人，省杰青2人，泰山学者5人，省突出贡献中青年专家5人，省重点实验室首席专家1人，省市农业体系岗位专家4人，每年培养研究生30人以上。近三年科研项目累计120多项，经费4500多万元，其中国家级项目35项、经费2300多万元，主持省部级项目40多项；发表SCI署名论文110多篇，多篇论文被同行正面引用和作为经典案例讨论，申请和授权国家发明专利100多项，转化1项，主持行业标准7项，第一完成人获省部级科技二等奖3项，三等奖2项。重点实验室在菌物资源与代谢的科研与教育中发挥了引领性作用，为我省建设成功能菌资源储备和资源利用领先的强省贡献力量。
                                                                                                                         （数据截至2022年底）